應(yīng)用場景與案例
應(yīng)用場景1：差異基因篩選與功能分析
適用范圍：臨床醫(yī)學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、生物化學(xué)、動植物及真菌研究等任意方向
利用真核有參轉(zhuǎn)錄組測序，可通過比較實驗組和對照組基因表達量篩選差異表達的基因。然后對差異表達基因進行進一步鎖定，如通過GO、KEGG富集分析及GSEA分析，配合Pubmed中已發(fā)表的文獻以及課題組中已積累的部分明星分子對差異表達基因進行功能注釋，并進一步分析關(guān)注的功能基因。進入實驗驗證階段后可對篩選到的差異基因進行qPCR、Northern、Western Blot、FISH驗證、基因敲除及過表達等。
應(yīng)用場景2：時序分析或濃度梯度分析
適用范圍：臨床樣本、細胞樣本、動植物樣本有多個時間段的樣本，或不同藥物濃度處理的樣本
在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析過程中，有一類特殊的實驗設(shè)計。通過對不同時間段的實驗樣本進行搜集，或測試不同的藥物、試劑等濃度梯度的樣本進行采集。繼而研究不同基因在不同時間段或不同濃度梯度間的表達規(guī)律，這一類分析通常稱之為“時序分析”
應(yīng)用場景3：轉(zhuǎn)錄因子/調(diào)控因子/剪切因子等上游調(diào)控基因挖掘
適用范圍：臨床醫(yī)學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、生物化學(xué)、動植物研究等任意研究方向
常規(guī)轉(zhuǎn)錄組差異分析極有可能得到大量的差異基因，這對后期實驗驗證的目標鎖定帶來挑戰(zhàn)。在沒有特定感興趣的通路及明星分子前提下，轉(zhuǎn)錄因子是一個非常不錯的切入方向。轉(zhuǎn)錄因子可以調(diào)節(jié)基因組DNA開放性、募集RNA聚合酶進行轉(zhuǎn)錄過程、募集輔助因子調(diào)節(jié)特定的轉(zhuǎn)錄階段，調(diào)控諸多生命進程，諸如免疫反應(yīng)、發(fā)育模式等。所以，分析轉(zhuǎn)錄因子表達及其調(diào)控活性對于解析復(fù)雜生命活動具有重要意義。其他調(diào)節(jié)因子包括可變剪切等調(diào)控基因也可以參與上游調(diào)控。
應(yīng)用場景4：大樣本研究
適用范圍：動植物育種、遺傳群體與物種起源、人群隊列與生物標志物挖掘
隨著測序技術(shù)的飛速發(fā)展，少量樣本的轉(zhuǎn)錄組測序研究已經(jīng)無法解釋復(fù)雜的生物學(xué)問題。研究者們已開始利用大樣本量的轉(zhuǎn)錄組樣本，結(jié)合統(tǒng)計學(xué)與機器學(xué)習(xí)等方式，知道符合特定規(guī)律和研究目的的核心基因。如孟德爾隨機化、相關(guān)性分析、線性回歸、LASSO回歸、Cox回歸等，分析不同樣本基因或基因組多樣性，挖掘更深入和全面的生物學(xué)意義。
來自杭州聯(lián)川公司
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